Se estructura en dos departamentos y 18 grupos de investigación:

Departamento de Producción Vegetal

• Genética, Mejora y Bioquímica de Brásicas: Estudia la calidad nutricional y resistencia a estreses y su aplicación en la mejora de los cultivos de brásicas hortícolas, con especial énfasis en los metabolitos secundarios y su papel en la salud y resistencia a estreses bióticos y abióticos.
• Biología de Agrosistemas: Plantea objetivos y estrategias transdisciplinares para afrontar problemas globales de las especies cultivadas y que puedan ser objeto de transferencia horizontal de conocimiento y tecnología, incorporando los recursos fitogenéticos como fuente de estudios de diversidad, genética y genómica, y realizando programas de mejora para el desarrollo de nuevas variedades genéticamente mejoradas, incluyendo la selección asistida por marcadores moleculares. Estudia las interacciones de las plantas y su agrosistema en leguminosas, hortícolas y ornamentales.
• Genética y Mejora de Maíz: Estudia los mecanismos genéticos que controlan la resistencia a estreses, la calidad y la producción del cultivo de maíz para la aplicación a la mejora del maíz para la alimentación (animal y humana) y usos industriales y a la conservación de su biodiversidad.
• Viticultura, Olivo y Rosa: Se dedica a la descripción botánica, histológica, agronómica y molecular de variedades autóctonas de vid y olivo; a la cuantificación de la resistencia a enfermedades fúngicas y mecanismos bioquímicos/fisiológicos de defensa de la planta frente a hongos; variabilidad intra/intervarietal-terroir-nuevos manejos de cultivo y el aprovechamiento de residuos vitivinícolas/oleícolas para obtener nuevos productos.
• Biotecnología de Especies Leñosas: Su objetivo es la aplicación de la biotecnología al estudio de los árboles y otras especies leñosas, a fin de evitar la pérdida de la biodiversidad, reducir la deforestación y fomentar el uso sostenible de los recursos forestales. Se utiliza el cultivo in vitro de tejidos vegetales para definir nuevos métodos de propagación, conservación y mejora, así como para disponer de material vegetal para estudiar los procesos de desarrollo y de regeneración, resistencia a estrés y enfermedades a nivel fisiológico, bioquímico y molecular.
• Bioquímica y Fisiología de Cultivos: Estudia el papel de la bioquímica y la fisiología de cultivos en su resistencia frente a estreses ambientales (plagas y enfermedades, y estrés hídrico y por altas temperaturas), así como la mejora de sus aprovechamientos en alimentación animal o producción etanólica.
• Genética y Desarrollo de Plantas: Los objetivos de su línea de investigación son la arquitectura de la planta, la floración, el desarrollo y maduración del fruto y la dehiscencia de la semilla. Constituyen, a su vez, hitos relevantes en el actual marco conceptual de la genética y la genómica vegetal.
• Señalización de estreses en cultivos: Sus líneas de investigación pretenden descifrar y entender los mecanismos moleculares que las plantas emplean para responder a diversos estreses ambientales, por ejemplo, el ataque de patógenos y pestes, con el fin de usar este conocimiento en el desarrollo de estrategias innovadoras y sostenibles de protección de cultivos.

Departamento de Suelos, Biosistemas y Ecología

• Ciclo Biogeoquímico del Carbono Edáfico: Su línea de investigación está orientada en profundizar en el conocimiento de los factores que influyen de forma significativa sobre el ciclo biogeoquímico del carbono de los suelos forestales, centrándose en las características bioquímicas de la materia orgánica edáfica con el fin de favorecer la conservación de los bosques atlánticos y valorar su posible papel en la mitigación del cambio climático.
• Bioquímica y Calidad de Suelos: Centra sus investigaciones en la materia orgánica, prestando especial hincapié en los microorganismos, principales agentes responsables del funcionamiento y, por consiguiente, de la calidad del suelo; en el impacto de los procesos de degradación y en la implantación de prácticas de conservación/recuperación del suelo.
• Interacciones Microbioma-Suelo-Planta: Su investigación se dirige, fundamentalmente, al estudio del sistema suelo-planta-microorganismos y su contribución a los servicios ecosistémicos. El trabajo que se lleva a cabo comprende el análisis de propiedades físico-químicas, microbiológicas y bioquímicas del suelo, así como de parámetros de crecimiento vegetal.
• Biogeoquímica y Cambio Global: Estudia los efectos de diferentes aspectos del cambio global, como las alteraciones climáticas o la contaminación atmosférica, sobre la diversidad y el funcionamiento de ecosistemas terrestres naturales y agroforestales.
• Ecología Evolutiva de las Interacciones Planta-Herbívoro: Se dedica a los procesos eco-evolutivos afectando a las interacciones planta-herbívoro, a predecir cómo el cambio climático influirá en las interacciones planta-herbívoro y a las estrategias de manejo en sistemas agroforestales.
• Adaptación y Sostenibilidad de Cultivos: Estudia la variación genética y la respuesta a la selección en caracteres importantes para la adaptación de los cultivos al ambiente (como son el vigor temprano, la floración y la senescencia) y en caracteres de relevancia en el cultivo sostenible (como son el uso eficiente del nitrógeno, el rendimiento, la humedad y la calidad de la biomasa residual).
• Biología Computacional: Centra sus investigaciones en el desarrollo y aplicación de métodos de modelización matemática para inferir y entender la complejidad de los sistemas y procesos biológicos a nivel molecular (rutas metabólicas, de regulación genética y de señalización celular). Aplicaciones en biología de sistemas y biología sintética, especialmente de microorganismos de interés en biotecnología industrial.
  
• Genética y Ecología Forestal: Estudia la genética y ecología de la resistencia a insectos y patógenos en especies forestales como determinantes de la variación fenotípica en caracteres de resistencia y tolerancia a enfermedades y plagas. La línea de investigación busca conocer las repercusiones y determinar posibles aplicaciones a la sanidad y gestión forestal sostenible.
• Incendios Forestales: Sus líneas de investigación se centran en investigar sobre la ecología del fuego; en evaluar los factores del régimen de fuego y su relación con la prevención de incendios y la restauración de áreas quemadas; en la cuantificación de la severidad del fuego en la vegetación y suelo; y en la modelización del riesgo hidrológico-erosivo después de incendio.
• Ecología del Paisaje: Sus investigaciones abordan desafíos ambientales (cambio climático, pérdida de biodiversidad después de mega-incendios, abandono rural) a través de la ecología del paisaje y la planificación ambiental sostenible. Su misión es promover la coexistencia armoniosa entre sistemas humanos y naturales en un entorno global cambiante. Está especializado en la ecología del paisaje, desarrollando soluciones prácticas e innovadoras mediante el uso de tecnologías avanzadas y colaboraciones multidisciplinarias para un futuro sostenible.